不饱和脂肪酸
牡丹籽油中含有总不饱和脂肪酸是目前所有食用油中最高的，达到92%以上；其中α-亚麻酸含42%以上，亚油酸含27%以上，油酸含23%以上。
这些不饱和脂肪酸能调节血脂代谢、抑制人体胆固醇合成、抗氧化、抗癌、降血糖血脂、提高智力等作用。
植物甾醇
牡丹籽及牡丹籽油中含有多种植物甾醇化合物，如β-谷甾醇、豆甾醇等。
植物甾醇除了有很好的消炎退热功能外，对人体新陈代谢方面也有诸多益处。它可以阻碍胆固醇的吸收，预防心脑血管疾病、抗氧化、抗癌、提高免疫力。植物甾醇也被作为新型的动物生长激素，可以促进生长、促进健康。此外植物甾醇所特有的渗透性以及抗炎性，可以使皮肤保持水分并抵抗炎症，具有很好的护肤强肤功能。
单萜苷类化合物
牡丹籽及牡丹籽油中含有大量的单萜苷类化合物，如芍药苷、氧化芍药苷、芍药内酯苷等，这类单萜苷类化合物具有抗抑郁、抗炎、抗氧化、免疫调节、保肝护肝等多种药理活性。
*酮类化合物
牡丹籽中水溶性部分含有多种*酮类化合物，如芹菜素、山奈酚、槲皮素和木犀草素等。许多*酮类化合物具有抗菌、抗病*、抗肿瘤等活性。此外大量的研究表明，*酮类化合物还具有降血压、降血脂、延缓衰老等药用价值。
芪类化合物
从牡丹籽壳和牡丹饼粕中可以分离出多种低聚芪类化合物，如白藜芦醇、虎杖苷等。芪类化合物具有多种多样的活性功能，如能够抑菌抗菌外，也具有降低人体血脂的作用，此外，在保护肝细胞、利水消肿、抗氧化方面发挥重要作用。
牡丹多糖
多糖是由多个单糖分子失水缩合而成的高分子化合物。牡丹多糖的含量在牡丹籽油和牡丹饼粕中大量存在。牡丹多糖具有复杂的生物活性和多种功能，如免疫调节、抗病*、抗炎、镇痛、抗肿瘤等，已然被广泛应用到食品、保健品、药品和化妆品中。
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牡丹花朵茶，牡丹花蕊茶
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